深渊级虽然设计时已经是大远征末期，但不知是受到了某些方面的影响或者订购者的要求，还是不可避免的带上了「远征型战舰」的特点，它内部有大量的空间被设计用来装载数以万计的星际战士和它们所使用的各类轻重装备，甚至是泰坦，按照赵-阿卡达给出的原设计数据推算，深渊级在极限状态下至少可以装载近五万星际战士和它们使用的基础装备武器，这听起来是挺厉害的，但仔细一想就会发现有点...不知所谓。
因为正常人怎么会往一艘战舰里塞几万名阿斯塔特呢？
但这样的设计带来的问题是实打实的，那三艘已经建造的深渊级中那些被设计出来装载人员的空间绝大部分时间，可以推断出一定是空空荡荡的，但它们又不能做什么，反而这些空旷的区域很容易成为敌人跳帮的防御弱点区，更糟糕的是，深渊级在该简略的地方没有简略，又在不该省的地方扣扣索索，如此庞大的内部空间，竟然没有设计出一整套行之有效的反跳帮系统，要知道现在的帝国大型战舰中，都会配备一套反跳帮系统，包括大量的微型管道监视器，隐藏的自动炮塔，可以收起的路障和陷阱，重点通道的加厚防爆闸门，以及分舱毁灭功能等等，大概是设计者过于自信，认为没有任何舰船能够靠近深渊级，于是把这些基本都省略了，深渊级内部主通道几乎都是「空城计」，真有人进来了只能靠里面的人员自己去抓老鼠。
而这也只是深渊级设计缺陷的一部分，事实上作为占用资源最多，但海战的战果几乎等同于没有的战舰来说，深渊级的问题不仅仅是因为使用它们的是怀言者，它们的很多系统被验证为在海战中几乎全无作用或者说收效甚微，赵-阿卡达和乌兰胡达的贤者们并非在参考蓝图建造一艘船，他们等于是在独立设计一种深渊级的改进型。
「...我们重新设计了舰船的内部舱室分布和通道路线，像这样的快速磁悬浮通道作为舰船的主体通道，建设了五条，从船艏武器控制厅延伸到船尾主能源调度中心有一条，顶层甲板到底层G3甲板有一条，从右船翼到中部转运舱有一条，左船翼到中部转运舱有一条，
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