南好运地遇上了船上最高军衔之一的藤井，对方还因为貌美被毛利小五郎纠缠了一阵，无奈之下和主角团拍了合照。
日常剧情拖到这里也差不多了，柯南例行到了要找卫生间的时间，而小兰也顺着命运的指引带着他直冲不许旅客踏足的禁入地区——他们顺理成章地看见了被排水口吸进来的、属于军士官的手臂。
小兰给警惕地盯着他们的工作人员递了万能的名侦探名片，帮毛利小五郎获得了加入调查的机会。
而柯南……他跑到角落里，不顾船上严禁对外联系的规定，开始给服部平次打电话。
旁听的浅川和树：事件发展逐渐脱离现实。
之后看见柯南跟踪那个情报部门专门派来查间谍的女海佐藤井时，他感觉这已经没什么可惊讶的了。
……
柯南很怀疑这个行动时主动避开航海长的女海佐。
“你们查到这个人的信息了吗？”
灰原哀疑惑：【你那边的信号怎么这么不稳？】
柯南丝毫没有自己是在犯法的自觉：“为了防止被发现，我躲到电波侦测不到的房间了。”
阿笠博士的态度很随意：【那我现在帮你把手表调到军舰电波不能侦测到的模式吧。】
旁听的浅川和树：6，阿笠科技，如此强劲，令人惊叹。
灰原哀告诉柯南，他们没查到军舰名录上有这个女海佐的名字。
这时，被柯南召唤而来的服部平次眼睁睁看着港口的工作人员在海里捞上来了军舰上胳膊的主人的剩余部分——这是一名本该在舰上的海尉。
既然有案件发生，目暮警官边乘着直升机上了军舰来查案。
旁观的浅川和树：恕我孤陋寡闻，这种发生在军舰上、可能和间谍有关的案件也在搜查课的管理范围内吗？
……
另一边，对女海佐越发怀疑的柯南往正在观看电脑上的机密信息的她的房间里扔了一枚发声器进去，模仿路人的声音引开了女海佐。
接着，他坐上了笔记本电脑前的椅子，看了一眼电脑的数据，没看懂——于是他打算把这个传给阿笠博士看看。
旁听的浅川和树：所以大家都说柯南其实是FBI派来的日本的卧底果然是有迹可循的吧。
按照原剧情，这次的间谍行动主要由3个人组成——一个军舰上的
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