迫在眉睫，几乎是第二天就要爆发的时候，共和国议会这才同意交给希夫-帕尔帕廷紧急裁定权，让他可以在处理一些关系到这场战争的议题的时候，可以绕开议会直接下达决定。
于是希夫-帕尔帕廷绕开议会之后下达的第一个指令，就是退出《军事创造法案》，成立大共和国军。
根据军事创造法案，绝地武士团将会成为这支军队的指挥者。并且所有的军团级以上部队，在出击的时候必须有至少一名绝地武士在场指挥。在进行军事行动的时候，绝地大师在军队当中的地位等同于将军。这项规定在当时看来其实是无可厚非的，因为在克隆人军队的存在被曝光出来之后，大家发现这支军队的创立，上面的签名赫然是绝地大师塞弗-迪亚斯。所以银河共和国内部普遍认为是绝地武士团建立的这支军队，那么现在由绝地武士团来率领这支军队，自然是顺理成章的事情。
在大共和国军成立之后，共和国议长希夫-帕尔帕廷成为这支军队名义上的最高领导，但大部分时候他都是将指挥权交给绝地武士团。也正是这个行为，让希夫-帕尔帕廷在议会当中赢得了不少的掌声，许多人认为这是他不贪恋权力，主动分权的大度行为。
然而那时候却没人知道，绝地武士团的覆灭，正是从得到大共和国军的指挥权开始的。
战争当中，绝地武士为了维护银河共和国的和平与统一，抛头颅洒热血，战斗在第一线，因为他们的英勇作战，带给了银河共和国一次又一次的胜利。为此，也有大批绝地武士在战争当中壮烈牺牲。
但是他们得到的，却并不是鲜花和掌声，而是越来越多的非议。因为战争不可能总是胜利，所以在每一次失败的时候，受到谴责的总是绝地武士——因为你总不可能去指责那些为了战争才创造出来的克隆人士兵吧？
并且由于几乎所有的战斗都有绝地武士在场，所以战争造成的伤害，也被算在绝地武士团的头上。有城市的摧毁，有平民被波及，有星球饥荒……虽然绝地武士团已经竭尽所能的避免这一切的发生，但人力终究有限，席卷了整个银河系的战争，远远不是那时候只有大约不到两万人的绝地武士团
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