沈廷扬又聚拢船队逃到了舟山，依附舟山将军黄斌卿，继续抗清。
弘光朝昙花一现，清军一南下就土崩瓦解，这使得舟山官兵并不看好明朝的未来。
结果舟山明军军心涣散，军纪松弛，沈廷扬的抗清事业一时陷入了困难。
关键时刻沈廷扬制定了《履亩劝输法》，以军屯分地的形式，加强土地对军士的束缚，遏制军士的逃亡。
通过此法，沈廷扬开始把舟山变成抗清基地。
在清军席卷南方的大背景下，舟山犹如海外孤岛，虽然遭到了清军的封锁，但因为军屯，舟山基本实现了物资自给，沈廷扬的抗清事业还是有一定光明前景的。
当时的舟山云集了很多抗清英雄，比如张名振、张煌言。
顺治四年，清军苏松提督吴胜兆反正，吴胜兆联络了舟山明军准备内外夹击，收复南京。
这年4月，沈廷扬、张名振、张煌言率600人从舟山渡海，14日抵达鹿苑，但遭遇台风，他们的战船被吹到岸边，全部损毁，明军水上优势丧失。
张名振、张煌言二人逃脱，沈廷扬极度失望地说“风波如此，其天意邪”，放弃了逃亡机会，最终沈廷扬和手下600多人全部被俘。
清军承诺剃头不杀，沈廷扬等人不为所动，最后600余兵士被清军坑杀，而沈廷扬则被送到南京。
在南京，大汉奸洪承畴词条又劝说沈廷扬剃发投降，沈廷扬当场拒绝，最终在7月2日，沈廷扬身着华夏儒生服饰，在苏州端正头巾后，向南方三拜，而后被清军砍头。
顾横知道，沈廷扬是中国较早关注海运的官僚，他十分重视海洋对国家前途命运的希望，但生不逢时，在明末乱局中，沈廷扬独木难支，加上天意弄人，一场台风彻底断送了光复南京的希望。
清朝时，流传着一首诗歌，高度总结了沈廷扬的一生：“中原多故艰饷餫，臣请破家通海运。七年海运天庾充，一再加秩旌臣功。天崩地裂九庙圯，臣请破家募死士。百艘亦可成奇兵，谁夺舟者刘泽清。走翁洲，战鹿苑，舟胶于沙。臣力竭，身不可降，头可断。故人休唱松山哀，六百义士同归来。”
所以，能改变沈廷扬的命运，顾横在心底又一次觉得：
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