地镇压后，满清“叔父摄政王”多尔衮、孝庄采取了彻底屠杀的办法作为报复，约5，400，000人遇难。最后到了“弥望千里，绝无人烟”的地步。后来清廷不得不迁移湖广的人口至四川(即有名的以湖广填四川)。
永昌之屠
永昌之屠指的是公元1659年（南明永历十三年闰三月），满清“征南将军”赵布泰、“提督”线国安等在云南永昌府等地进行的一次大规模屠城。
根据《清世祖实录》和《明清档案》记载，1659年满清军队进入云南，分路攻打南明防线。满清军队沿途烧杀抢掠无恶不作，永昌一带周围百里无人烟。被屠杀的无辜居民人数不详。史称永昌之屠。
西北
潼关之屠
潼关之屠指的是公元1644年（明崇祯十七年正月十三日），满清“豫亲王”多铎在陕西潼关进行的一次大规模屠城。
根据《清世祖实录》和《潼关志》记载，1644年正月十二日，李自成从潼关回援西安。留守潼关的大顺“巫山伯”马世耀向满清军队诈降，但密信为满清所获。次日，多铎诈称举行宴会，将马部官兵解除武装，手无寸铁的战俘被尽数屠杀。
其他暴行
这些屠杀，模式基本一致：根据清军头领发布的屠城令，实施的残忍的集体杀戮，和集体强奸。而屠杀后，不仅人头被堆积成”京观“，甚至还将女性的敏感部位割下，作为论功行赏的凭据，”取阴肉或割乳头，验功之所，积成丘阜“。甚至顺治帝本人都是这种屠杀的参与者。大量屠杀中被掠夺来的汉族妇女，被送到顺治帝的龙床，连郑成功的母亲，都成为清军强奸的对象。
在江南大量的知识份子被杀害，他们的妻女，则统统被献给八旗军人。根据山东地方历史资料，甚至在平定三番时，从山东过境的八旗军，还经常对整村的汉族妇女施暴。
顺治二年（1645年）7月30日，清军至沙镇，”见者即逼索金银，索金讫，即挥刀下斩，女人或拥之行淫，讫，即掳之入舟。遇男女，则牵颈而发其地中之藏，少或支吾，即剖腹刳肠。“
顺治二年（1645年）清军实施扬州大屠杀后，至无锡时，”舟中俱
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