闵妃集团面对声势浩大的东学党农民起义十分恐惧又无力镇压，再加上当时风传大院君与东学党相勾结，里应外合推翻朝廷，闵妃集团更加惴惴不安，遂又一次向清廷求援，请求其镇压农民军以维护自己的统治。谁知这致使了闵妃集团的第二次垮台。
明成皇后被杀事件是史上少有的残忍、野蛮事件
日本已连续在壬午兵变和甲申政变中吃了败仗，丢尽了脸面，于是蓄谋已久，要与清朝在朝鲜决一死战，以实现其称霸世界的野心。这一次东学党起义，正好给日本以可乘之机。日本以保护侨民和使馆为借口陆续派海陆军队一万多人抵达朝鲜，形成与驻朝清军对峙的紧张状态。
为了找到借口，日本竟突然宣布协助朝鲜改革内政，这自然遭到闵妃集团把持的朝鲜政府以及清朝政府的拒绝。于是日本决定扫除闵妃集团政府，高宗三十一年（1894年）六月二十一日（7月23日），日军突然袭击景福宫，挟持高宗，强迫其归政于大院君。
于是大院君在日本人的扶持下第三次上台摄政。闵妃集团再次倒台，闵泳翊、闵泳骏、闵应植、闵炯植、闵致宪、金世基等闵妃集团官吏被逐出朝廷，有的甚至被流放到远方恶岛。
另一方面日本则指使大院君政权断绝与清朝的关系，将朝鲜强行拉入日本阵营。于是两天后，即7月25日，日本在丰岛海面袭击清军运兵船，挑起了中日甲午战争。闵妃尽管已经失势，但日本仍然感到她的威胁。于是日本人又策划了李埈镕谋逆事件，企图扶植大院君之孙李埈镕夺取王位。但大院君与日本貌合神离，并不支持这个行动，日本也只好作罢。
之后日本又发现了大院君在平壤战役中向清军传递情报的信件，于是彻底废弃了大院君，转而收买闵妃。日本公使井上馨向闵妃贷款三百万元，可闵妃却将这些钱暗中拿去买新式武器，另外当时闵妃主张“朝鲜中立论”，在汉城成立了贞洞俱乐部，作为西方各国驻朝外交官的会所，并利用这个俱乐部四处游说欧美列强，帮助朝鲜获得独立地位以至承认朝鲜为永久中立国。闵妃的这些行为让日本人愈发感到了她对日本吞并朝鲜的阻碍
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