公元311年，晋怀帝与司马越的矛盾爆发，密诏苟晞伐之，随后司马越病逝，王衍率军归葬封国。当他东行至苦县（今河南鹿邑县）时，遭石勒袭击，晋军精锐受屠尽亡，重臣降后被杀。此时洛阳空虚，被刘聪、王弥兵攻破，杀害官员百姓三万馀人，掳走晋怀帝，史称“永嘉之祸”。
公元313年，晋怀帝被杀，晋愍帝于长安继立帝位，刘聪派刘曜持续攻打。
公元316年，晋愍帝投降，最后受辱被杀，至此西晋亡。而后，各族陆续在北方建立国家，史称“五胡十六国”。
在中国北方进入五胡十六国历史巨变的同时，由于晋朝王子司马睿带领晋朝宗族、贵族、士族、臣民和民众，“衣冠南渡”逃到江南及中国南方各地，因此延续了晋朝的统治，司马睿建立的晋朝史称东晋，原来的晋朝称西晋。
东晋在三国时代吴国的地盘上建立国家，形势并不乐观，因为吴国被晋朝所灭，虽然这场生灵涂炭的灾难已经过去63年（公元280年至317年），但是江南民间对这场灾难状况仍然记忆犹新，中国南方人民对晋朝的仇恨仍然没有消除。幸运的是在六十三年时间里，晋朝培养了一批像陶侃（江西九江士族首领，东晋文学家陶渊明的爷爷）本地士族首领和地方官吏世家。加上西晋灭亡后，从北方度过长江入住江南和中国的晋朝的宗族、贵族、士族、臣民和民众大概有200多万人，这些都为东晋在中国南方的统治奠定比较稳固的基础，使东晋社会能够保持比较稳定社会环境，为中华文化的传承和发展奠定了坚实基础。
东晋为了对本地土著人民与北方移民区别对待，给予北方移民更多的税赋减免优惠，以及购买土地、为官、当兵和经商等方面优先权和便利条件，因此东晋朝廷将北方移民专门注册称“客户”，客ke在古老东南亚南岛语中是去、离开、从某地到某地的意思，在汉语中“客ke”为名词时是外乡人的意思，“客ke”为动词时是去、离开的意思，目前西南官话仍然将“去”读成“客ke”，晋朝人肯定也是这样读“客ke”，这说明晋朝时，北方汉人仍然保留着人类迁徙前东南亚古老民族
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