第26军，共计6万余人，从福建，浙江南部出兵，率先攻打杭州、上海，在会同中路军进攻南京。
中路军由总司令亲自节制，分为江左、江右两军，江右以程前为总指挥，率领第2，第6，第40军沿长江南岸推进。
江左则以李宗仁为总指挥，率领第7军，第10军，第18军沿长江北岸推进，最后与江右、东路军会合，攻取南京。
西路军则以唐升智为总指挥，下辖第8、第35、第36军等，共约10万人，坐镇两湖地区，警戒河南方向的奉军与直鲁联军，防止其南下。
在政治部署上，南昌会议决定，要求国民党中央党部与国民政府“暂住南昌。”，同时秘密命令部队，截留途经南昌的国党中央委员，将中央权力置于总司令的军权控制之下，希望凭此与武汉左派政权形成分庭抗礼之势。
在财政上，总司令提前设立好江浙财政委员会，自己亲任财政委员会会长，何应亲、李云龙等黄埔嫡系将领任副会长，希望接管东南财税之后，能够为后续作战提供持续的经费保障。
1927年1月7日,南昌会议正式结束,会议之后,各军主将立即前往自己部队的驻扎之地，按照部署向指定的地区集合，一场决定东南命运的总攻即将打响！
李云龙回到第18军驻军之地后，立刻着手安排相关事宜，1月10日，武汉方向在得知南昌会议的“暂都南昌”决议之后，立即联名通电斥责总司令。