，控制漠北和西域后，清朝征服西藏的战争打响，清安定西藏之战是康熙五十六年（1717年）至五十九年（1720年），清军击败占扰西藏的准噶尔部，征服西藏的重要战争。
康熙二十一年，西藏五世达赖喇嘛罗桑嘉措逝世，第巴桑结嘉措秘不发丧，窃据重权。十五年后，即康熙三十六清廷才发现这一阴谋。同年十月，册封六世达赖喇嘛仓央嘉措，仍由桑结嘉措任第巴，管理政务。统治西藏的另一政治势力代表为准噶尔和硕特汗。
康熙四十年，和硕特拉藏汗继位。为争夺西藏大权，拉藏汗与桑结嘉措的矛盾日益激化，终于引发出一场军事冲突。康熙四十四年七月，桑结嘉措兵败被杀，拉藏汗控制了西藏。拉藏汗经清廷批准，选立益西嘉措为六世达赖喇嘛。然而，青海各蒙古台吉另选立里塘（今四川理塘）的噶桑嘉措为六世达赖。于是，双方发生真假达赖之争，实际上反映出各派政治力量的激烈斗争。
康熙四十八年，康熙帝派户部侍郎赫寿到西藏，协同拉藏汗处理西藏政务，此为设置驻藏大臣之始。四十九年，清廷正式册封拉藏汗选立的益西嘉措为六世达赖喇嘛。五十五年，年又将青海众台吉选立的噶桑嘉措安置在塔尔寺（今青海湟中）。历经多年的真假达赖之争，表面上告一段落，实际上激流暗涌。准噶尔部首领策妄阿拉布坦乘噶尔丹与清军作战时，迅速发展力量，又因从征噶尔丹有功，被清廷信任，清廷将噶尔丹的部众全部交给他，并准其在阿尔泰山以西地区游牧。准噶尔遂发展为西域大部落。准噶尔部与和硕特部素有矛盾，策妄阿拉布坦对和硕特部拉藏汗控制西藏早就心怀不满，见拉藏汗与青海诸台吉为真假达赖争论不已，便决意趁机出兵。策妄阿拉布坦先娶拉藏汗之姐为妻，又赘拉藏汗之子为婿，使拉藏汗放松对他的戒备。
康熙五十四年，策妄阿拉布坦犯掠哈密，企图打通由新疆东部经青海入藏的道路。康熙帝立即命将军富宁安带兵前往拦截；征喀尔喀蒙古兵集结在归化城（今内蒙古呼和浩特），准备出击；命右卫将军费扬固总理军务。当年八月，富宁安率军到达巴里坤。策妄阿
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