拉布坦将哈密等地劫掠一空而去。应富宁安建议，清军在哈密、巴里坤等地募兵屯田，以备边警。清廷另命青海诸台吉选调兵马，屯于噶斯湖畔（今青海油砂山西南），阻断由青海入藏之路。策妄阿拉布坦见清军于东面加强防御，便决定由西面入藏，即由伊犁（今新疆伊宁）经阿克苏、喀什噶尔、叶尔羌（今新疆莎车）、和阗（今新疆和田）等地，绕沙漠，翻雪山，进入西藏。
康熙五十五年十月，策妄阿拉布坦以护送拉藏汗之子噶尔丹丹衷夫妇回藏省亲为名，派大策零敦多布等率6000兵，向西藏进发。他们昼伏夜行，于次年七月到达西藏北部的纳克产（今西藏奇林错东南，加林错东北）地区，顺利通过腾格里海天险，直趋达木（今西藏当雄）。防守达木的藏军与准噶尔兵发生激烈战斗。拉藏汗正欲亲自往达木迎接亲人，却得知达木已成为战场，便仓猝调集军队，在达木一带阻击敌人。双方于达木相持两个月后，藏兵抵挡不住，于十月八日退至拉萨。
十月三十日深夜，大策零敦多布围攻拉萨，第二天，攻入城内，杀死拉藏汗，拘押达赖喇嘛，抢掠各庙宇，将贵重物品运回伊犁。策妄阿拉布坦授意大策零敦多布，在西藏组成以达克咱（即达改哇·拉嘉热丹）为第巴的亲准噶尔政权。
在策妄阿拉布坦派兵进藏之初，康熙帝判断其很有可能与拉藏汗联兵，进攻青海，因而着力加强青海的防御。康熙五十六年七月，康熙帝调署理西安将军湖广总督额伦特，由新疆巴里坤至青海西宁，料理军务粮饷；命西宁总兵官王以谦、侍读学士查礼浑在松潘预备，调荆州2000满洲兵往四川成都，太原500满洲兵往西安。九月初，康熙帝遣侍卫色楞赴青海。十月下旬，准噶尔兵正月进攻拉萨的消息，由青海亲王罗卜藏丹津奏报给朝廷，康熙帝急派都统和礼往云南；护军统领温普往打箭炉（今四川康定），防准噶尔东进川滇；命青海各台吉加强防御，并派内大臣策旺诺尔布、将军额伦特、侍卫阿齐图等，扎于青海各要地，防范准噶尔。
康熙五十七年初，康熙帝接到拉藏汗于拉萨城即将被攻破时写的奏疏。不久，又
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