支持新政的声音被完全淹没，狄仁杰等居中调和者，也左支右绌，难以招架。
更致命的一击，来自一份由十七位致仕老臣、地方名儒联名上奏的《陈时弊疏》。这些老臣大多德高望重，门生故旧遍布朝野，他们的表态极具分量。疏中并未直接攻击武则天或李瑾，而是以“忧国忧民”的口吻，痛陈“变法”之弊：指责清丈导致“田亩纠纷日增，乡里失和”；批评“摊丁入亩”是“舍本逐末”，实际加重了小民负担（引用被歪曲的地方案例）；忧虑“士绅一体纳粮”会“寒天下士子之心，动摇国本”。最后，他们“泣血恳求”女皇“罢聚敛之臣，停苛酷之政，复祖宗之成法，以安天下士民之心”。这份奏疏如同一记重锤，砸在了本就飘摇的改革旗帜上，它代表了旧有统治阶层中“清流”与“乡贤”势力的正式、集体的反对。
地方上，抵抗从“软”的阳奉阴违，迅速升级为“硬”的公开对抗和暴力冲突。
在江南苏州府吴江县，朝廷派出的“肃政使”团队，在试图强行进入当地最大豪绅、致仕侍郎沈翰的庄园进行复核清丈时，遭遇了武装抵抗。沈家豢养的数百名庄丁、佃户，手持棍棒、农具，甚至部分弓弩，封锁道路，高呼“保家护产，驱逐酷吏”的口号。冲突中，一名肃政使随行的护卫被冷箭射伤，多名庄丁和试图维持秩序的县衙差役受伤。消息传开，附近数个县的豪强闻风而动，纷纷紧闭庄门，集结丁壮，摆出对抗姿态。苏州府震动，驻军都不得不戒备。这场冲突虽未演变成大规模叛乱，但其象征意义极为恶劣——地方豪强已敢于公开武力对抗中央权威。
在河东道蒲州，情况更为复杂。当地大族柳氏，不仅田产众多，更与河东节度使麾下的军官有着千丝万缕的联系（不少中低级军官出身柳氏或其姻亲）。当清丈人员试图核实柳氏一处靠近黄河滩涂、多年来通过淤田和侵占河滩扩大的万亩良田时，柳氏先是贿赂不成，继而鼓动周边村庄的百姓，声称朝廷清丈是要“重定河税，加征滩地赋”，会加重所有沿河百姓负担。不明真相的农民被煽动起来，聚集阻挠，与清丈人员发生激烈冲突。混乱中
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